Hamulcem wdrożeń e-faktur jest przyzwyczajenie do tradycyjnego, papierowego obiegu dokumentów. Wprowadzenie nowego systemu rozliczeń wymaga zmiany procesu zatwierdzania, przesyłania i przechowywania faktur, a czasem nawet przeszkolenia pracownika. Zmiany te budzą opór u przedsiębiorców, którzy wolą korzystać ze starych, sprawdzonych rozwiązań.

E- usługi przez długi czas nie cieszyły się zaufaniem firm, ze względu na niewystarczająco ścisłe uregulowania prawne, związane z ich funkcjonowaniem. W rozporządzeniu z dnia 14 lipca 2005 roku regulującego zasady e-faktur nie zostało precyzyjnie określone, jak powinny one wyglądać. Doprowadziło to do sytuacji, w której źródłem nieporozumień z fiskusem stała się w szczególności kwestia braku oznaczenia faktury elektronicznej jako oryginał i kopia, dając tym samym możliwość kwestionowania e-faktur przez urzędników skarbowych.

Zobacz: Konto firmowe: za darmo lub za kilkadziesiąt złotych

W Rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 pojawiły się nowe regulacje dotyczące faktur elektronicznych. Według nich obowiązek wystawiania faktur w co najmniej dwóch egzemplarzach i oznaczania ich wyrazami Oryginał i Kopia nie dotyczy faktur i faktur korygujących wystawionych w formie elektronicznej. W przypadku tych dokumentów sprzedawca przesyła fakturę nabywcy i jednocześnie zachowuje ją w swojej dokumentacji. Rozporządzenie z dnia 18 grudnia 2009 zmieniające powyższe rozporządzenie nie zmieniło powyższego paragrafu, więc w obecnej chwili nadal nie ma takiego wymogu i brak takich oznaczeń nie może być podstawą do podważenia prawidłowości faktury.